Los antecedentes de la Facultad de Ciencias Químico Biológicas se remontan a 1874, cuando el Colegio Rosales incluyó en su oferta educativa dos carreras: Ensayador, Apartador y Beneficiador de Metales, y Farmacéutico. Ambas profesiones estaban estrechamente relacionadas con la enseñanza de la química y respondían a las necesidades de la época. La carrera de Ensayador se ofreció hasta principios del siglo XX, mientras que la de Farmacéutico tuvo vigencia de 1874 a 1915, enfocándose en la preparación de fórmulas farmacéuticas y el análisis clínico.

En 1915, esta última fue reformada y recibió el nombre de Químico Farmacéutico, incorporando las teorías químicas más actuales, especialmente en el área de la química médica. Posteriormente, en 1942, adoptó su denominación actual: Químico Farmacéutico Biólogo (QFB), consolidándose como una de las profesiones más representativas de la institución.

Durante la década de 1960, en un contexto de creciente industrialización, la institución amplió su oferta con la creación de la carrera de Ingeniero Químico en 1963, orientada a formar profesionales capaces de atender las necesidades tecnológicas de la región y fomentar el desarrollo industrial en Sinaloa. En 1961 se había creado la carrera de Químico, que no logró consolidarse y fue cerrada tras la graduación de solo seis egresados. En 1967 se ofreció la carrera de Químico Industrial, que, debido a deficiencias en su diseño y poca pertinencia regional, fue transformada en 1971 en la carrera de Ingeniería Bioquímica. Esta nueva profesión se diseñó para responder a las demandas de la agroindustria sinaloense, particularmente en el área de tecnología de alimentos.

En búsqueda del desarrollo industrial en el estado de Sinaloa y en generar una cultura industrial en la sociedad sinaloense, se crea la carrera de Ingeniero Químico en 1963 con el objetivo de formar los recursos humanos que contribuirían a resolver algunas de las necesidades tecnológicas y de industrialización regional, así como detonar la industria de transformación.

La investigación y el posgrado en la Facultad comenzaron a desarrollarse formalmente a partir de 1980, inicialmente con proyectos orientados al envasado de alimentos, control de calidad de productos lácteos y estudios sobre enfermedades parasitarias. Con el tiempo, estas líneas se ampliaron hacia problemas críticos de salud pública como la contaminación y la epidemiología, así como a innovaciones en tecnología de alimentos.

En 1986 se estableció la Especialidad en Bioquímica, marcando el inicio de los estudios de posgrado. Posteriormente, en 1991, se creó la Maestría en Ciencia y Tecnología de Alimentos, la primera en la Universidad Autónoma de Sinaloa en ser reconocida como programa de excelencia por el entonces Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (SECIHTI), actualmente Secretaría de Ciencia, Humanidades, Tecnología e Innovación (SECIHTI), reconocimiento que ha mantenido en sus actualizaciones subsecuentes.

En 2008 se inicia con la Maestría en Ciencias Biomédicas, mientras que el Doctorado arranca en 2014. Actualmente dichos programas también son reconocidos por la Secretaría de Ciencia, Humanidades, Tecnología e Innovación (SECIHTI).

Un hito importante en la historia institucional fue la transformación de escuela a facultad en octubre de 1995, lo cual impulsó significativamente el desarrollo académico y administrativo. A partir de inicios del siglo XXI, con el fortalecimiento de la planta académica, especialmente en el área de Ingeniería Química, se consolidaron diversas líneas de investigación en electroquímica, desarrollo de materiales, modelado, simulación y optimización de procesos. Con la maduración tanto de la planta docente como de la infraestructura, se identificó la pertinencia de crear un posgrado en Ingeniería Química, cuyo diseño académico se ha venido consolidando en los últimos años. En este sentido, se proyecta que para el año 2026 se inicie la oferta formal de la Maestría y el Doctorado en Ciencias en Ingeniería Química.

En 2012, se creó la Licenciatura en Biotecnología Genómica, con el objetivo de formar profesionistas capaces de aplicar conocimientos biotecnológicos en la solución de problemas complejos en salud, medio ambiente y producción. Más recientemente, en 2024, se incorporó la Licenciatura en Ingeniería Computacional de Procesos, orientada al diseño, modelado y optimización de procesos mediante herramientas computacionales avanzadas, en respuesta a la creciente digitalización de la ingeniería y la industria.

Actualmente, la Facultad de Ciencias Químico Biológicas ofrece cinco programas de licenciatura: Químico Farmacéutico Biólogo, Ingeniería Química, Ingeniería Bioquímica, Biotecnología Genómica e Ingeniería Computacional de Procesos. Además, cuenta con una sólida oferta de posgrado que incluye: Maestría y Doctorado en Ciencias Biomédicas; Maestría y Doctorado en Ciencias con Orientación en Biotecnología; Maestría y Doctorado en Ciencia y Tecnología de Alimentos; y, próximamente, Maestría y Doctorado en Ciencias en Ingeniería Química.